Коронавирус нерукотворный: разбираем гипотезу о лабораторном происхождении SARS-CoV-2

В начале февраля этого года специалисты ВОЗ, посетившие Ухань, заявили на пресс-конференции, что исключают [1] версию об искусственном происхождении коронавируса SARS-CoV-2. Вирус, вероятно, достался нам от летучих мышей через неизвестного промежуточного хозяина. И все же согласно опросу «Левада-центра», опубликованному в марте, 64% россиян заявили, что «коронавирус создан искусственно и является новой формой биологического оружия» [2] (Рис. 1).


Действительно, за время эпидемии в СМИ появилась масса версий об искусственном происхождении коронавируса. Большинство из них подозревали Уханьскую лабораторию, но звучали и обвинения в адрес США и даже российского «Вектора». Утверждалось, что SARS-CoV-2 был сделан с использованием последовательностей генома ВИЧ, генов человека, что это коронавирус из научной публикации в журнале Nature – все это подробно разбиралось на страницах моего блога [3-4].

Но одна конспирологическая теория появилась не в желтых СМИ и не в частном блоге, а перекочевала с Habr’a [5] на страницы вполне респектабельного научного журнала BioEssays [6]. В статье Россаны Сегрето и Юрия Дейгина было сказано, что коронавирус SARS-CoV-2 «мог быть синтезирован путем комбинирования генома, похожего на коронавирус RaTG13, с рецептор-связывающим доменом коронавируса, похожего на обнаруженный у панголинов». Любопытно, что у Юрия (автора этой гипотезы, исходно выложенной на Habr’e) это первая научная статья.

Сегодня в журнале BioEssays вышел подробный разбор многочисленных ошибок, обнаруженных в этой статье, и анализ свидетельств в пользу природного происхождения коронавируса SARS-CoV-2. Эту работу мы сделали с Александром Тышковским, старшим научным сотрудником лаборатории системной биологии старения в МГУ имени М.В. Ломоносова и Медицинской школе Гарварда.

Разберем проблемы статьи Сегрето и Дейгина по пунктам.

1. Коронавирус RaTG13 из летучих мышей является ближайшим известным родственником коронавируса SARS-CoV-2. Однако между этими двумя вирусами имеется лишь 96.2% сходства на уровне генома. Из этих различий вытекает примерная оценка времени расхождения этих коронавирусов – 1948-1982 годы (40-70 лет назад). Даже культивирование в лаборатории не поможет значительно ускорить этот процесс: так, культивирование родственного вируса атипичной пневмонии (SARS-CoV) в течение 30 дней привело лишь к 0.02% различий на уровне генома. Следовательно, на создание SARS-CoV-2 из RaTG13 в таком эксперименте ушло бы более 15 лет.

Можно было бы возразить, что существуют методы, позволяющие ускорить накопление мутаций при эволюции вирусов в лаборатории. Однако такие методы оставляют «следы»: некоторые мутации при таком подходе происходят чаще, чем в естественных условиях. На эволюционном пути, ведущему к SARS-CoV-2, таких следов мы не видим. Напротив, нуклеотидные замены происходили с такими же относительными частотами, что и на эволюционном пути другого природного коронавируса – SARS-CoV (Рис 2).

2. Для создания коронавируса SARS-CoV-2 не подходит и рецептор-связывающый домен коронавируса, обнаруженный у панголинов. Сегрето и Дейгин пишут об идентичности этого домена с таковым у SARS-CoV-2, но это верно только на уровне аминокислотных последовательностей. На генетическом уровне сходство между участками РНК, кодирующими эти домены, составляет лишь 86.6% (Рис. 3). А значит накопление этих отличий тоже заняло бы многие годы. При том, что коронавирус из панголинов был обнаружен только в 2019 году.


3. Настаивая на том, что коронавирус SARS-CoV-2 – продукт совмещения коронавируса из летучей мыши и коронавируса из панголинов, Сегрето и Дейгин говорят о низкой вероятности естественной рекомбинации, «учитывая низкую плотность популяции панголинов и низкую встречаемость у них коронавирусов». Для такого сценария в одного панголина должны были одновременно попасть сразу два коронавируса, что может показаться маловероятным. Но почти все штаммы коронавирусов, которые мы видим у панголинов, произошли от вирусов летучих мышей. И текущий коронавирус панголина – не исключение. Поэтому даже если бы речь шла о рекомбинации двух коронавирусов, она вполне могла бы произойти у летучих мышей, где вирусы это делают постоянно. А уже после этого получившийся вирус мог попасть в панголина, и такой сценарий маловероятным уже не кажется.

Наконец, Сегрето и Дейгин даже не упоминают статью в журнале Nature Microbiology, в которой изучали эволюцию коронавирусов и пришли к выводу, что SARS-CoV-2, вероятно, и вовсе не является продуктом рекомбинации. Судя по гену шиповидного белка, в ходе рекомбинации возник вирус летучей мыши RaTG13. Так что если уж и говорить о каком-то искусственном происхождении коронавируса, то скорее этого. Правда, открыт он был еще за несколько лет до SARS-CoV-2, поэтому и тут конспирологов ждет провал.

4. Еще один аргумент Сегрето и Дейгина заключается в обнаруженном ими участке РНК SARS-CoV-2, который может разрезаться ферментом FauI. Такие ферменты используют генные инженеры, а место для разрезания находится внутри 12 нуклеотидной вставки в фуриновом сайте, который играет важную роль в проникновении вируса в клетки. Казалось бы, вот она – улика, намекающая на искусственное происхождение. Однако дело в том, что генные инженеры знают о тысячах подобных ферментов, и каждый из них узнает свою нуклеотидную последовательность. Чтобы показать, насколько легко можно найти сайт разрезания какого-то фермента в любом интересующемся участке гена, мы использовали простую программу NEBCutter. Мы посмотрели, сколько потенциальных «сайтов разрезания» можно найти в 500-нуклеотидной окрестности того участка, который разрезается FauI. Таких сайтов нашлось 287, из них 180 – уникальных (примеры можно увидеть на Рис. 4).


Другими словами, в среднем, каждый третий нуклеотид разрезается каким-то ферментом. Авторы допускают типичную ошибку «Техасского стрелка», когда сначала «стреляют», а потом дорисовывают мишень. Никаких априорных оснований выделять именно сайт FauI не было, а внутри обсуждаемого 12-нуклеотидного фрагмента сайт разрезания какого-нибудь фермента нашелся бы почти наверняка (я опущу расчеты, но вероятность этого порядка 99.5%).

Это не все перечисленные ошибки и некорректные допущения в статье, которые мы нашли, но некоторые могут оказаться слишком сложными для популярного изложения. Стоит отметить лишь возражения на родственные конспирологические теории, на которые намекают Сегрето и Дейгин все в той же статье. Идея, что SARS-CoV-2 сделан не из упомянутых известных вирусов летучих мышей или панголинов, а из неких неизвестных вирусов, тщательно скрываемых в Уханьской лаборатории – не фальсифицируема (не удовлетворяет критерию Поппера, не может быть проверена). Более того, она проигрывает по вероятности гипотезе о рекомбинации двух неизвестных вирусов в природе в силу меньшего количества дополнительных допущений (принцип бритвы Оккама).

В своей статье Дейгин и Сегрето пишут так же, что методами современной синтетической биологии, можно было бы напечатать абсолютно любой геном, в том числе геном SARS-CoV-2, «не оставив следов». Это, конечно, так, но аргументом не является, поскольку современными методами синтетической биологии можно было бы воссоздать любой вирус, и SARS-CoV-2 здесь ничем не выделяется. С тем же успехом можно было бы написать статью о лабораторном происхождении любого из возбудителей простуды.

У психолога Роба Брозертона есть прекрасная книга: «Недоверчивые умы. Чем нас привлекают теории заговоров» [8], которую я не устаю рекомендовать. В ней приводится несколько интересных особенностей человеческого мышления, толкающих верить в ничем не подтвержденные заговоры.

Во-первых, людям свойственна «ошибка пропорциональности» – это ожидание, что у больших событий должны быть большие причины. Людям сложно поверить, что президента могущественной страны убил обычный человек или, что закрытие аэропортов по всему миру случилось из-за какой-то жалкой случайной мутации. Любопытно, что теории заговоров возникают вокруг наиболее опасных вирусов, но я не встречал, скажем, теории о том, что за созданием вируса герпеса стоит секретная лаборатория.

Во-вторых, людям свойственно телеологическое мышление – представление, что все происходит с какой-то целью. Раньше люди анимировали природу, видели в землетрясениях, громе или шквале гнев духов или богов. Теперь эти явления людям понятны, а вот причины эпидемий многих ставят в тупик. И в них аналогично ищут разумное начало. В этом конспирологическое мышление близко к креационизму [9].

В-третьих, людям свойственны проекции – попытки понять мышление других людей, поставив себя на их место. В 2011 году в Британском журнале социальной психологии вышла статья о том, что люди, верящие в теории заговоров, сами с большей охотой приняли бы участие в заговоре [10].

Все это в совокупности и дает нам информационную эпидемию о том, как страшные ученые травят людей вирусами, а потом травят еще раз – вакцинами, чтобы внедрить всем чипы и управлять человечеством через 5G. И если эффективные вакцины от коронавируса уже созданы, победа над теориями заговоров нам пока только снится. Но, по крайней мере, к ней нужно стремиться, особенно на страницах научных журналов.

[1] https://www.rbc.ru/society/09/02/2021/602269ca9a79476961c9fcfb
[2] https://www.levada.ru/2021/03/01/koronavirus-vaktsina-i-proishozhdenie-virusa/
[3] https://scinquisitor.livejournal.com/173753.html
[4] https://scinquisitor.livejournal.com/174949.html
[5] https://habr.com/ru/post/497956/
[6] Segreto, R., & Deigin, Y. (2021). The genetic structure of SARS‐CoV‐2 does not rule out a laboratory origin. BioEssays, 43, e2000240. https://doi.org/10.1002/bies.202000240.
[7] Tyshkovskiy, A., Panchin, AY. (2021). There is no evidence of SARS‐CoV‐2 laboratory origin: Response to Segreto and Deigin (https://doi.org/10.1002/bies.202000240). BioEssays. e2000325. https://doi.org/10.1002/bies.202000325
[8] https://evolutionfund.ru/project/1/book/3/nedoverchivye-umy-chem-nas-privlekayut-teorii-zagovorov
[9] Pascal et al. 2018. Creationism and conspiracism share a common teleological bias. Current Biology. 28. 847-870.
[10] Douglas et al. 2011. Does it take one to know one? Endorsement of conspiracy theories is influenced by personal willingness to conspire. British Journal of Social Psychology. 10 (3): 544–552

источник - scinquisitorscinquisitor 
[3 ссылок 60 комментариев 5100 посещений]
читать полный текст со всеми комментариями
blog comments powered by Disqus

Добавить комментарий



Топы по Месяцам

Твиттер @t30p

Twitter мая 13, 19:00
Барабан стиральной машины — назначение, виды, как выбратьБарабан в стиральной машине занимает практически все прост https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=31575a19-4344-41f6-b50b-28b1da3019c6

Twitter мая 13, 18:40
Массовый убийца Галявиев: «кто-то его к этому готовил»Советский районный суд г. Казани удовлетворил ходатайство сле https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=a6f9ad76-ceb9-4664-8207-780572dc3374

Twitter мая 13, 18:20
Духовный тесты Мой университетский друг на старости лет решил защитить магистерскую по психологии. Тема - сравнение https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=fe8fd6e5-09f7-4a62-9ca3-92333a0e6006

Twitter мая 13, 18:02
[4$] Кадеты Очень много достойных людей о которых говорят очень мало, но https://ift.tt/3uMknEa

Twitter мая 13, 18:02
Корона российской империи. Прелюдия https://ift.tt/3fiaWWw

Twitter мая 13, 18:01
RT @LordOfMops: Самой точной репрезентацией уровня моего умственного развития все еще является капитан Смоллетт из советского Острова Сокрв…

Twitter мая 13, 18:01
RT @dmitry_gordon: Петр Алексеевич, с удовольствием с вами посужусь. Судиться – так судиться. Жму руку, Петр Алексеевич, обнимаю! https:/…

Twitter мая 13, 18:00
Про больных на головуПонимаю, что сейчас меня тапками закидают или чем похуже. Когда-то, когда мои родители выписыв https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=08cf89bf-8be2-4dc3-afd3-415495391971

Twitter мая 13, 17:40
Драники Помните фильм "Девчата", где молодая повариха убеждала, что из картофеля можно приготовить очень много блюд https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=c2272ceb-1a15-4659-93d1-115f31ffe8fc

Twitter мая 13, 17:20
А бывает вообще равный вклад, если мужчина не работает?Яна, здравствуйте!У меня вопрос, я давно уже им мучаюсь, и к https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=0748ac14-902b-461d-884f-8017ef836dd3

Twitter мая 13, 17:00
Было или не было По следам преступления в Казани многие пишут: "А вот раньше такого не было".Часто пишут не просто https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=4f580b69-cc52-4055-9922-99b0f8d23110

Twitter мая 13, 16:40
Корм для людей по аналогии собачьего и кошачьегоПочему нет "человечьего корма" - условного мешка снэков со всеми не https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=5df5f3b6-b110-4642-adaf-5ea166c345b9

Twitter мая 13, 16:20
Большие перемены в СШАЯ несколько раз писал, что Трамп и его сторонники в республиканской партии ведут себя так, бу https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=f4823290-44d9-4781-9a78-46b6e169000c

Twitter мая 13, 16:16
RT @sponger86129115: Я знаю нескольких человек в России,бывших коллег, которые искренне рады тому что бомбят город Ашкелон,в котором я живу…

Twitter мая 13, 16:00
Дагестан По мне, про Дагестан можно писать романы и не только любовно-порнографические, как у меня. Поэтому я напиш https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=e50e1797-e4a8-486c-baac-df2f6c720978

Twitter мая 13, 15:40
Поиграем? Сегодня я лягу спать девушкой, а проснусь тётенькой. И, пока я ещё девушка, давайте поиграем. Есть 10 фак https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=6efa552e-e564-4d78-80fa-88bd9736dba8

Twitter мая 13, 15:20
Убей в себе хомячка – авторский способ бросить курить.Капля никотина убивает лошадь. А хомячка просто рвёт на части https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=c44575a2-2bd6-412f-8a2b-77d37612c0cc

Twitter мая 13, 15:00
Чернобыльский реактор снова начинает фонитьПЕТР СИВКОВ / ТАСС / GETTY IMAGES - Купол УБежище в ЧернобылеНа Чернобыл https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=88ad2f79-763e-46fa-b337-db7619521f2d

Twitter мая 13, 14:52
RT @GrandmaOlya: Не знаю, есть ли в Тви цыгане, обижу я их этим своим твитом или нет, но... Вчера была Радоница. Мы ездили на могилки к уме…

Twitter мая 13, 14:40
Дачные развлечения У Тимми одни игрушки на уме. А Люк - мечтатель.ает аромат черёмухи и думает о чём-то своём. https://blog.t30p.ru/post.aspx?id=5f2e808e-3dc2-4b19-8057-264c56ae63c9

follow me